La première pierre de ce chef d’œuvre d'architecture baroque fut posée par le grand maître des chevaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, Jean Parisot de la Valette, dans la péninsule de Xiberras en 1566. La ville avait pour but de consolider la défense militaire de l'ordre à la suite de sa victoire sanglante contre les attaques ottomanes pendant le siège de 1565.

Le projet de Jean Parisot de la Valette allait au-delà d'une simple fortification. En effet, il avait envisagé la ville comme un grand centre culturel et commercial européen. Bien qu'il mourut peu avant son achèvement,  La Valette devint bientôt la capitale de l'île et parvint à le demeurer jusqu'à aujourd'hui,  bien après le départ des chevaliers en 1798 lors de la prise de l'île par Napoléon.

La ville fut conçue par le célèbre architecte italien  Francesco Laparelli, assistant de Michelangelo. Envoyé par le pape Pie V - qui a participé partiellement au financement de sa construction -, la tâche initiale de F. Laparelli était d'inspecter et de faire un rapport sur l'état des fortifications de l'île après le siège. Dans son rapport, il recommenda qu'il serait bien plus judicieux et économique de construire une nouvelle ville fortifiée dans la péninsule de Xiberras plutôt que de reconstruire les fortifications existantes ailleurs sur l'île.

Afin de récolter suffisamment de fonds pour ce vaste projet, les chevaliers déposèrent une requête auprès des cours européennes. En raison de la défense héroïque des chevaliers contre les assaillants turcs, les fonds furent facilement débloqués. Pour le reste de l'Europe chrétienne, l'île de Malte fortifiée correctement signifiait un rempart de protection supplémentaire contre les Ottomans.

La conception de Laparelli marqua un tournant significatif par rapport à la structure médiévale traditionnelle des villes puisqu'il opta pour un agencement en quadrillage. Ainsi construite, l'air de la mer pourrait circuler librement dans les couloirs de la ville, rendant la vie de ses habitants plus supportable durant les longs mois d'été. Les larges marches des escaliers de La Valette sont une autre particularité: elles avaient été conçues pour le passage des chevaliers vêtus d'imposantes armures.

Par la suite, l'architecte maltais Girolamo Cassar poursuivit la construction de la ville, en se focalisant sur les bâtiments. Après un bref séjour en Italie, Cassar entreprit la construction de plusieurs bâtiments, notamment les Auberges pour chacunes des langues de l'ordre. Un peu comme des ambassades, elles prirent le nom des différentes langues ou nationalités composant l'ordre et servaient d'habitation secondaire aux chevaliers.

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